Oroa dig inte, ingen har rätt bakgrund för det här från början – från Tidningen Curie

När jag och mina kollegor diskuterar med neuroforskare om vad de och fältet behöver slutar det ofta med att vi pratar om utbildning – främst av mastersstudenter och doktorander, men även av postdocs och mer seniora forskare som byter eller utökar sitt fält. Särskilt pressande verkar behovet vara för de som använder metoder som ger mycket data, eller som kräver rejäla kunskaper i både labbjobb och analys eller programmering – något som gäller allt fler. Neuroforskningen har utvecklats oerhört snabbt det senaste decenniet, med resulterande explosioner av metoder, stora datamängder och nya verktyg – och även eftersläp i utbildningsinnehåll. De lokala utbildningarnas innehåll ger ofta bara delar av den bakgrund som krävs, sedan får man lappa efter bästa förmåga med korta kurser, ofta i ett annat land, eller på egen hand försöka gissa vad man behöver veta och sedan hitta litteraturen.

Min egen doktorandutbildning i beräkningsbiologi (mer känt under det engelska namnet computational neuroscience) var precis ett sådant ihopkämpat lapptäcke av halvrelevanta universitetskurser – från både KTH, SU och KI – och djupdyk i forskningsartiklar och böcker, spetsat med ett par lätt surrealistiska veckor på kurs i sydligaste Polen, där jag framför allt lärde mig massor om metalloxidsensorer. ”Oroa dig inte”, sa min bihandledare godmodigt, ”ingen har rätt bakgrund för det här från början”. Jag hade tidvis varit beredd att ge min högra arm för ett lite mer balanserat och genomtänkt kurspaket, och jag kommer fortfarande ofta i kontakt med studenter som sitter fast i samma typ av pusslande. Nu har de dock även MOOCs, gratis föreläsningsvideor på youtube, helt webbsända konferenser, hundratals diskussionsforum och möjligheten att hitta medstudenter och mentorer via sociala medier… fast att hitta dessa utspridda resurser är ofta inte lätt, om man inte redan vet var man ska leta efter dem.

För några år sedan höll min organisation, INCF, tre workshops för att få en samlad syn på neurofältets utbildningsbehov. Workshop-rapporterna finns att läsa här, men en av de viktigaste slutsatserna är kort och enkel: man behöver börja tidigt i utbildningsstegen. Redan under masterutbildningen behöver biologerna få tillgång till matte, fysik och programmering, och fysikerna och matematikerna få tillämpa sina kunskaper på biologiska system, riktiga och modellerade celler och organ. På så vis får de en bredare samling verktyg att angripa problem med, lättare att samarbeta med folk från varierande bakgrunder, flera möjliga utbildningsvägar att fortsätta på, och flera kompetenser att bära med sig ut i forskning eller arbetsliv.

För varje sådan dubbelkompetent ny forskare får samhället också en bättre chans att lösa ett av vår tids stora hälsoproblem: att från djungler av data lista ut varför hjärnan fungerar eller slutar fungera. Ingen börjar med rätt bakgrund för det, men många fler skulle kunna ta sig hela vägen dit än som får chansen idag.

Det här är min sista post för Curie. Tack till er som läst! I fortsättningen hittar ni mig på Twitter och på min egen blogg.

Den här bloggposten publicerades från början 2014-09-24 på Malins gästblogg på Tidningen Curie.

En snart passerad sommar av kod – från Tidningen Curie

I sommar har över tusen studenter och nästan tvåhundra organisationer varit sysselsatta med att vidareutveckla öppen mjukvara inom Google Summer of Code; ett globalt program sponsrat av Google där studenter från hela världen får stipendier för att skriva kod åt olika öppna mjukvaruprojekt. Tretton av studenterna har jobbat med mentorer från olika neuro-relaterade forskningsprojekt och forskningsverktyg via min organisation (INCF), och jag och en kollega har rekryterat mentorerna, följt upp och rent allmänt stått för så mycket som möjligt av de administrativa bitarna. Igår, den 18:e augusti, var det officiellt sista dagen.

Det är vårt fjärde år som mentororganisation, och på många sätt ett fantastiskt kul projekt att jobba med. Studenterna är smarta, motiverade och entusiastiska över möjligheten att bidra till projekt och verktyg som behövs och gör nytta. Mentorerna får mycket utveckling gjord till priset av regelbundna mentorsinsatser, och projekten får nya deltagare – många fortsätter på ett eller annat sätt att involvera studenterna efter stipendieperiodens slut, eller plockar upp lovande studenter som precis inte kom igenom den kompetitiva delen där de mest lovande studenterna väljs ut. Vi som mentororganisation får glädjen att hjälpa vår community att hjälpa varandra; många av mjukvaruprojekten drivs helt eller delvis ofinansierat av forskarna som är involverade och vi vet hur många små hål det finns att täppa för att verktygen ska bli bättre, snabbare och smartare. Och alla förbättringar hamnar öppet tillgängliga för andra att plocka upp och spinna vidare på.

Tyvärr verkar den här möjligheten vara rätt okänd för många forskare och projekt. Det är synd. Kraven för att bli godkänd som mentororganisation är klart överkomliga, och många projekt som har plats för och nytta av exjobbare skulle kunna använda sig av det här initiativet för att nå ut till fler (och dessutom kunna betala dem en smula).

Förmodligen blir det en ny runda Google Summer of Code nästa år, beskedet brukar komma senast i januari. Om du har ett öppet mjukvaruprojekt som skulle ha nytta av fler händer på tangentborden, eller kommer i kontakt med studenter som vill prova på öppen mjukvaruutveckling, tipsa dem! Jag och min kollega svarar förstås även gärna på frågor om våra erfarenheter, bara att ställa dem i kommentarerna här nedan.

Läs mer:

Den här bloggposten publicerades från början på Malins gästblogg på Tidningen Curie.

Slutet för hårddisken i byrålådan? – från Tidningen Curie

I teorin kan jag lätt komma åt alla modeller, data och analysskript från mina år som doktorand. De ligger på hårddiskar, noggrant inpackade i antistatiska påsar, i byrålådan. Skulle jag behöva komma åt faktiska filer blir det svårare – dels ska diskarna fortfarande fungera, dels ska det gå att hitta och installera gamla versioner av programmen som kör modellerna eller läser in och analyserar mina data. Vissa filformat kan jag inte alls använda, eftersom mjukvaran som kör dem kräver en snordyr licens som jag inte längre har tillgång till. Än så länge kan vi nog kalla problemet med att nå mina data “svettigt men inte omöjligt”. Men om tio år? Tjugo? (Och om jag själv inte är tillgänglig då – kan någon annan alls förstå och återskapa det jag gjort?)

Deprimerande nog är jag långtifrån ensam. Så ser det ut lite överallt i den akademiska världen. En studie av tillgängligheten för data bakom drygt 500 biologiartiklar från ett och samma subfält, som publicerades i början av året, visar att data snabbt blir otillgängliga. Data från artiklar som publicerades 1991 gick bara att få tag på i en tredjedel av fallen – antingen var kontaktpersonerna omöjliga att få tag på, eller så låg data otillgängligt på avlägsna platser och i format som slutat fungera (minns ni zipdrive?). Även nya data var relativt svåra att få tag på, men då främst för att många tillfrågade inte ville dela med sig.

Datadelning är ett komplext problem med såväl tekniska som sociologiska aspekter, ibland även etiska och lagliga (särskilt inom det medicinska området). Trycket på att dela ökar, både från finansiärer och från tidskrifter, och det har flammat upp flera intressanta diskussioner i spåren av ändrade riktlinjer och krav (till exempel reaktionerna på PLoS ändrade datapolicy i början av året).

Personligen gillar jag principen att  göra data tillgängligt (senast) i samband med publikationen av en artikel. Tillgängliggörandet löser inte problemet med att kunna reproducera egna och andras resultat – ofta ligger det många analyssteg mellan data och resultat, och analysstegen kan vara svåra att replikera – men det tar bort de ”enkla” delarna av problemet: Data som blir onåbara för att en kontaktperson för länge sedan bytt jobb och mailadress, data som går upp i rök för att lagringsformat blir trasiga eller obsoleta.

Det gläder mig att möjligheten att publicera diverse sorters data formligen har exploderat under de sista åren, åtminstone inom mitt fält. Initiativ som Dryad och Figshare låter användare dela allt från figurer till kod och filer, unikt identifierbart och citerbart. Data kan publiceras som rena dataset med en DOI (DataCite), minipublikationer (t ex F1000 ResearchNotes) eller som hela papper (GigaScienceJournal of Neuroinformatics).  Till och med Nature har startat en datatidskrift. Det ska bli så intressant att se vad som händer de närmaste åren. Blir det här slutet för hårddisken i byrålådan?

Den här bloggposten publicerades från början 2014-06-02 på Malins gästblogg på Tidningen Curie.

Mänsklighetens nästa månfärd går inåt – från Tidningen Curie

Jag jobbar inom ett fält som håller på att drunkna i data, men ändå är svältfött på information. Det är en erfarenhet som jag och mina kolleger knappast är ensamma om, men kanske särskilt relevant för samhället i vårt fall, när det gäller neurovetenskap.

Har det inte hänt oss själva har vi oftast folk i vår närhet som drabbats av någon typ av hjärnrelaterad sjukdom. Depression, till exempel, eller demens. Samhällskostnaderna är gigantiska, både direkt i form av vård, och indirekt i form av förlorade arbetsår både för den som är sjuk och för den som avstår från annat för att kunna ta hand om sjuka familjemedlemmar och vänner. För Europa (EU-länderna + Island, Norge och Schweiz) uppskattades samhällskostnaden till nära 800 miljarder euro, bara för år 2010.

Ändå är vi långt ifrån att förstå hur kroppsdelen som ligger bakom problemen fungerar, hos friska och hos sjuka. Hjärnans funktion sträcker sig över så många storleks- och tidsskalor, var och en med sin egen familj av metoder och utrustning, att ingen enskild forskningsgren sitter med mer än några få bitar av pusslet.

Att integrera alla dessa lösa fakta till ny kunskap kräver resurser och samarbeten på en storleksskala jämförbar med CERN. Minst.  Ansträngningen som krävs har kallats “ett nytt månfärdsprojekt”, och utan modern informationsteknik skulle vi inte ha skuggan av en chans att lyckas.

Resurserna som behöver koordineras är utspridda över hela världen, över hundratals länder och tusentals labb. Därför grundades organisationen jag jobbar för, INCF (International Neuroinformatics Coordinating Facility).

Vi är små i förhållande till uppgiften. Det innebär att vi behöver jobba med hävstänger, och påverka andra snarare än att göra allt själva. Vi samlar experter inom olika fält för att få till överenskommelser om hur data och metoder kan dokumenteras för att vara mer begripliga och återanvändbara. Hur man gör dataformat mer kompatibla och underlättar jämförelser. Vilka resurser saknas och skulle göra mest nytta – kanske mjukvaruverktyg, eller standarder, eller infrastruktur? Vad krävs för att katalysera utvecklingen av dem? Vi försöker påskynda byggandet av broar mellan fält och personer som kan ha nytta av varandra, mellan biologer och datavetare, programmerare och medicinare.

Det är ett omväxlande, roligt och frustrerande jobb, och det finns alltid tusen nya saker att lära sig. Jag tänkte använda den här bloggperioden till att berätta om några av dem.

Den här bloggposten publicerades från början 2014-05-13 på Malins gästblogg på Tidningen Curie.

Försök igen, misslyckas bättre…

Det är lätt att råka underskatta övningens och rutinens betydelse för god kommunikation. Därför är det bra att göra nya saker ibland. Jag var nyss och höll föredrag om Matmolekyler (eller kanske snarare, ett Matmolekyler-relaterat föredrag) för Kemistsamfundets Stockholmskrets, och det var riktigt läskigt. En okänd publik på runt 40 personer, många av dem med fler år i kemistkarriären än vad jag har tillbringat totalt i skolan, och ett ämne som jag aldrig tidigare har hållit föredrag om, ovanpå en stressig arbetsdag som dröjde kvar …

Kombinationen var faktiskt sådan att jag fick sitta ner för att inte bli distraherad av mina darriga knän, och jag är säker på att föredragets första del inte kommer gå till historien som någon fantastisk uppvisning i talarkonst. Jag tror visserligen inte att det blev direkt dåligt, två olika personer frågade efteråt om jag ger fler föredrag och jag tillbringade minst en kvart med att svara på frågor efteråt, men när det handlar om kommunikation har jag höga krav på mig själv.

Det är nyttigt att känna sig som nybörjare ibland, just för att man blir påmind om hur frustrerande det är. Jag är säker på att nästa föredrag kommer att bli bättre på grund av det, och att jag hur som helst inte kommer vara nöjd då heller.

Försök igen, misslyckas bättre.

“Vad ska du göra sedan, då?”

En av de absolut vanligaste frågorna man får när man nämner att man jobbar på sin avhandling och ska disputera vid tidpunkt X är “och vad ska du göra sedan?”.

Ibland är det vänligt allmänintresse, ibland är det antagligen den neutralaste frågan folk kan komma på som inte har att göra med själva stressmomentet för stunden (de flesta doktorander är uppenbart slitna och jäktade sista året). Någon gång är det folk inom ens eget fält som frågar; då vill man gärna ha ett bra och genomtänkt svar.

För många doktorander är svaret sannolikt obehagligt länge “jag vet inte”. Tidspressen lämnar inte mycket rum för den sortens eftertanke, och trots att man får vänliga tips om att börja söka post-doc ett år i förväg känner jag få som verkligen gjort det. Långt färre som har en långsiktig karriärplan.

Ofta ser fortsättningsalternativen – från vissa synvinklar och särskilt inifrån akademin – ut som ett binärt val mellan Forskning och Allt Annat. Det är inte riktigt sant; det utmärkta seminariet om alternativa karriärvägar utanför akademin, som inledde Stockholm Meeting i torsdags belyste på ett rätt fascinerande sätt alla olika vägar man kan ta med en doktorsexamen i ryggsäcken. Naturvetarna hade valt ut fem talare som typexempel: att jobba inom industrin (Mats Berggren, vd Sweden Bio), att arbeta som lektor på gymnasiet (Pär Wohlin, lektor Viktor Rydbergs gymnasium), forskningsadministration (Anna Ledin, vetenskaplig sekreterare Kungl. Vetenskapsakademien), starta eget och jobba som entreprenör (Saed Esmaeilzadeh, vd Diamorph AB) eller att arbeta som vetenskapsjournalist (Ulrika Björkstén, redaktör Vetenskapsmagasinet).

Tråkigt nog var det inte många av dem som verkligen lyckades visa i sina föredrag hur och när eller i vissa fall ens om de hade nytta av sin forskarbakgrund mer än som inträdesbiljett. Bäst tyckte jag om Pär Wohlins berättelse som visade hur han hela tiden ifrågasatte, utvärderade och anpassade sin lärarroll och kunskaperna bakom den – flera gånger med obekväma beslut som resultat. Både inspirerande och upplyftande.

Själv skaffade jag mitt nuvarande jobb i juni förra året, och jobbade deltid där medan jag doktorerade färdigt på resten av deltiden. Jag har nytta av erfarenheterna från min doktorandtid i stort sett varje dag; ofta på grund av den specifika insikten jag fått i mitt fält och dess verktyg, ibland på grund av den mer generella inblicken i hur forskare tänker och fungerar. Organisations- och rapportskrivningsövningen jag fått genom att administrera EU-projekt (som institutionstjänstgöring) är direkt tillämpbara på mina organisatoriska och administrativa arbetsuppgifter idag. Samtidigt har träningen jag fått i kommunikation – talad såväl som skriven – genom bloggandet och alla de uppdrag och erfarenheter det lett till varit direkt ovärderlig i mitt nya jobb, där kommunikatör är del av min titel.

Allt det andra svåretiketterbara man lär sig på köpet när man doktorerar – att strukturera upp sitt arbete och planera långsiktigt, att lösa problem, att tänka själv och arbeta självständigt, att brottas med svårlösliga problem utan att ge upp – det är också otroligt användbart. Fråga nästan vilken doktor som helst i bekantskapskretsen – antagligen är det få som kommer säga att det var själva fackkunskaperna de fick som var mest användbara.

Sorgligt att man så ofta möter rekryterare som är rädda för att anställa “snäva, specialiserade” doktorer. De vet inte vad de missar.

Ny titel, nytt jobb

Från och med i fredags vågar jag kalla mig “doktor” (visst, man ska skriva på ett papper eller två, men avhandlingsförsvaret är huvudsteget). Från och med idag tillhör jag inte längre KTH – istället kan jag titulera mig kommunikatör och programofficer (på INCF).

Rent praktiskt är det inte riktigt en så abrupt skillnad som det kan låta; jag har faktiskt gått på deltid på mitt nya jobb sedan förra sommaren, och jag byter varken land eller stad samtidigt som jobb. Mentalt är skillnaden större – plötsligt så kan jag inte riktigt kalla mig “forskare” längre, inte på pappret. (Även om jag fortfarande putsar på min sista artikel vilket väl nominellt kanske kan kallas att fortfarande hålla på med forskning, så är jag inte avlönad att göra det och inte anställd som forskare på något universitet)
Just nu kan jag i och för sig inte kalla mig något alls, så länge jag inte gör det i skrift. Tre timmars nästan oavbrutet prat på avhandlingsförsvaret, med en förkylning i botten, har gett mig en präktig stämbandskatarr, och för första gången i mitt liv har jag faktiskt ingen röst *alls*.
Förutom i text. Härmed förklarar jag bloggen återuppväckt!

God fortsättning… på avhandlingsarbetet

Här händer inte just mycket. Men bloggen är inte död, den bara vilar! Bakom kulisserna pågår ett intensivt arbete med avhandlingen, som förhoppningsvis är helt klar om några veckor*. Fem kapitel har jag skickat till min handledare, ytterligare tre är halvfärdiga, och just nu pågår putsandet på sista artikeln som ska in. En hel bunt (förhoppningsvis) snygga och pedagogiska figurer ska också produceras, så att avhandlingskapitlen inte består nästan uteslutande av ord.

*på 60%-ig deltid, eftersom jag redan i somras skaffade och började på mitt blivande nästa heltidsjobb. Jodå, med planering så går det. Men det blir ingen bloggtid över med det schemat, om man säger så (däremot lyckas jag twittra ibland, och på så vis hålla den värsta bloggabstinensen stången).