En snart passerad sommar av kod – från Tidningen Curie

I sommar har över tusen studenter och nästan tvåhundra organisationer varit sysselsatta med att vidareutveckla öppen mjukvara inom Google Summer of Code; ett globalt program sponsrat av Google där studenter från hela världen får stipendier för att skriva kod åt olika öppna mjukvaruprojekt. Tretton av studenterna har jobbat med mentorer från olika neuro-relaterade forskningsprojekt och forskningsverktyg via min organisation (INCF), och jag och en kollega har rekryterat mentorerna, följt upp och rent allmänt stått för så mycket som möjligt av de administrativa bitarna. Igår, den 18:e augusti, var det officiellt sista dagen.

Det är vårt fjärde år som mentororganisation, och på många sätt ett fantastiskt kul projekt att jobba med. Studenterna är smarta, motiverade och entusiastiska över möjligheten att bidra till projekt och verktyg som behövs och gör nytta. Mentorerna får mycket utveckling gjord till priset av regelbundna mentorsinsatser, och projekten får nya deltagare – många fortsätter på ett eller annat sätt att involvera studenterna efter stipendieperiodens slut, eller plockar upp lovande studenter som precis inte kom igenom den kompetitiva delen där de mest lovande studenterna väljs ut. Vi som mentororganisation får glädjen att hjälpa vår community att hjälpa varandra; många av mjukvaruprojekten drivs helt eller delvis ofinansierat av forskarna som är involverade och vi vet hur många små hål det finns att täppa för att verktygen ska bli bättre, snabbare och smartare. Och alla förbättringar hamnar öppet tillgängliga för andra att plocka upp och spinna vidare på.

Tyvärr verkar den här möjligheten vara rätt okänd för många forskare och projekt. Det är synd. Kraven för att bli godkänd som mentororganisation är klart överkomliga, och många projekt som har plats för och nytta av exjobbare skulle kunna använda sig av det här initiativet för att nå ut till fler (och dessutom kunna betala dem en smula).

Förmodligen blir det en ny runda Google Summer of Code nästa år, beskedet brukar komma senast i januari. Om du har ett öppet mjukvaruprojekt som skulle ha nytta av fler händer på tangentborden, eller kommer i kontakt med studenter som vill prova på öppen mjukvaruutveckling, tipsa dem! Jag och min kollega svarar förstås även gärna på frågor om våra erfarenheter, bara att ställa dem i kommentarerna här nedan.

Läs mer:

Den här bloggposten publicerades från början på Malins gästblogg på Tidningen Curie.

Slutet för hårddisken i byrålådan? – från Tidningen Curie

I teorin kan jag lätt komma åt alla modeller, data och analysskript från mina år som doktorand. De ligger på hårddiskar, noggrant inpackade i antistatiska påsar, i byrålådan. Skulle jag behöva komma åt faktiska filer blir det svårare – dels ska diskarna fortfarande fungera, dels ska det gå att hitta och installera gamla versioner av programmen som kör modellerna eller läser in och analyserar mina data. Vissa filformat kan jag inte alls använda, eftersom mjukvaran som kör dem kräver en snordyr licens som jag inte längre har tillgång till. Än så länge kan vi nog kalla problemet med att nå mina data “svettigt men inte omöjligt”. Men om tio år? Tjugo? (Och om jag själv inte är tillgänglig då – kan någon annan alls förstå och återskapa det jag gjort?)

Deprimerande nog är jag långtifrån ensam. Så ser det ut lite överallt i den akademiska världen. En studie av tillgängligheten för data bakom drygt 500 biologiartiklar från ett och samma subfält, som publicerades i början av året, visar att data snabbt blir otillgängliga. Data från artiklar som publicerades 1991 gick bara att få tag på i en tredjedel av fallen – antingen var kontaktpersonerna omöjliga att få tag på, eller så låg data otillgängligt på avlägsna platser och i format som slutat fungera (minns ni zipdrive?). Även nya data var relativt svåra att få tag på, men då främst för att många tillfrågade inte ville dela med sig.

Datadelning är ett komplext problem med såväl tekniska som sociologiska aspekter, ibland även etiska och lagliga (särskilt inom det medicinska området). Trycket på att dela ökar, både från finansiärer och från tidskrifter, och det har flammat upp flera intressanta diskussioner i spåren av ändrade riktlinjer och krav (till exempel reaktionerna på PLoS ändrade datapolicy i början av året).

Personligen gillar jag principen att  göra data tillgängligt (senast) i samband med publikationen av en artikel. Tillgängliggörandet löser inte problemet med att kunna reproducera egna och andras resultat – ofta ligger det många analyssteg mellan data och resultat, och analysstegen kan vara svåra att replikera – men det tar bort de ”enkla” delarna av problemet: Data som blir onåbara för att en kontaktperson för länge sedan bytt jobb och mailadress, data som går upp i rök för att lagringsformat blir trasiga eller obsoleta.

Det gläder mig att möjligheten att publicera diverse sorters data formligen har exploderat under de sista åren, åtminstone inom mitt fält. Initiativ som Dryad och Figshare låter användare dela allt från figurer till kod och filer, unikt identifierbart och citerbart. Data kan publiceras som rena dataset med en DOI (DataCite), minipublikationer (t ex F1000 ResearchNotes) eller som hela papper (GigaScienceJournal of Neuroinformatics).  Till och med Nature har startat en datatidskrift. Det ska bli så intressant att se vad som händer de närmaste åren. Blir det här slutet för hårddisken i byrålådan?

Den här bloggposten publicerades från början 2014-06-02 på Malins gästblogg på Tidningen Curie.

Mänsklighetens nästa månfärd går inåt – från Tidningen Curie

Jag jobbar inom ett fält som håller på att drunkna i data, men ändå är svältfött på information. Det är en erfarenhet som jag och mina kolleger knappast är ensamma om, men kanske särskilt relevant för samhället i vårt fall, när det gäller neurovetenskap.

Har det inte hänt oss själva har vi oftast folk i vår närhet som drabbats av någon typ av hjärnrelaterad sjukdom. Depression, till exempel, eller demens. Samhällskostnaderna är gigantiska, både direkt i form av vård, och indirekt i form av förlorade arbetsår både för den som är sjuk och för den som avstår från annat för att kunna ta hand om sjuka familjemedlemmar och vänner. För Europa (EU-länderna + Island, Norge och Schweiz) uppskattades samhällskostnaden till nära 800 miljarder euro, bara för år 2010.

Ändå är vi långt ifrån att förstå hur kroppsdelen som ligger bakom problemen fungerar, hos friska och hos sjuka. Hjärnans funktion sträcker sig över så många storleks- och tidsskalor, var och en med sin egen familj av metoder och utrustning, att ingen enskild forskningsgren sitter med mer än några få bitar av pusslet.

Att integrera alla dessa lösa fakta till ny kunskap kräver resurser och samarbeten på en storleksskala jämförbar med CERN. Minst.  Ansträngningen som krävs har kallats “ett nytt månfärdsprojekt”, och utan modern informationsteknik skulle vi inte ha skuggan av en chans att lyckas.

Resurserna som behöver koordineras är utspridda över hela världen, över hundratals länder och tusentals labb. Därför grundades organisationen jag jobbar för, INCF (International Neuroinformatics Coordinating Facility).

Vi är små i förhållande till uppgiften. Det innebär att vi behöver jobba med hävstänger, och påverka andra snarare än att göra allt själva. Vi samlar experter inom olika fält för att få till överenskommelser om hur data och metoder kan dokumenteras för att vara mer begripliga och återanvändbara. Hur man gör dataformat mer kompatibla och underlättar jämförelser. Vilka resurser saknas och skulle göra mest nytta – kanske mjukvaruverktyg, eller standarder, eller infrastruktur? Vad krävs för att katalysera utvecklingen av dem? Vi försöker påskynda byggandet av broar mellan fält och personer som kan ha nytta av varandra, mellan biologer och datavetare, programmerare och medicinare.

Det är ett omväxlande, roligt och frustrerande jobb, och det finns alltid tusen nya saker att lära sig. Jag tänkte använda den här bloggperioden till att berätta om några av dem.

Den här bloggposten publicerades från början 2014-05-13 på Malins gästblogg på Tidningen Curie.

Försök igen, misslyckas bättre…

Det är lätt att råka underskatta övningens och rutinens betydelse för god kommunikation. Därför är det bra att göra nya saker ibland. Jag var nyss och höll föredrag om Matmolekyler (eller kanske snarare, ett Matmolekyler-relaterat föredrag) för Kemistsamfundets Stockholmskrets, och det var riktigt läskigt. En okänd publik på runt 40 personer, många av dem med fler år i kemistkarriären än vad jag har tillbringat totalt i skolan, och ett ämne som jag aldrig tidigare har hållit föredrag om, ovanpå en stressig arbetsdag som dröjde kvar …

Kombinationen var faktiskt sådan att jag fick sitta ner för att inte bli distraherad av mina darriga knän, och jag är säker på att föredragets första del inte kommer gå till historien som någon fantastisk uppvisning i talarkonst. Jag tror visserligen inte att det blev direkt dåligt, två olika personer frågade efteråt om jag ger fler föredrag och jag tillbringade minst en kvart med att svara på frågor efteråt, men när det handlar om kommunikation har jag höga krav på mig själv.

Det är nyttigt att känna sig som nybörjare ibland, just för att man blir påmind om hur frustrerande det är. Jag är säker på att nästa föredrag kommer att bli bättre på grund av det, och att jag hur som helst inte kommer vara nöjd då heller.

Försök igen, misslyckas bättre.

“Vad ska du göra sedan, då?”

En av de absolut vanligaste frågorna man får när man nämner att man jobbar på sin avhandling och ska disputera vid tidpunkt X är “och vad ska du göra sedan?”.

Ibland är det vänligt allmänintresse, ibland är det antagligen den neutralaste frågan folk kan komma på som inte har att göra med själva stressmomentet för stunden (de flesta doktorander är uppenbart slitna och jäktade sista året). Någon gång är det folk inom ens eget fält som frågar; då vill man gärna ha ett bra och genomtänkt svar.

För många doktorander är svaret sannolikt obehagligt länge “jag vet inte”. Tidspressen lämnar inte mycket rum för den sortens eftertanke, och trots att man får vänliga tips om att börja söka post-doc ett år i förväg känner jag få som verkligen gjort det. Långt färre som har en långsiktig karriärplan.

Ofta ser fortsättningsalternativen – från vissa synvinklar och särskilt inifrån akademin – ut som ett binärt val mellan Forskning och Allt Annat. Det är inte riktigt sant; det utmärkta seminariet om alternativa karriärvägar utanför akademin, som inledde Stockholm Meeting i torsdags belyste på ett rätt fascinerande sätt alla olika vägar man kan ta med en doktorsexamen i ryggsäcken. Naturvetarna hade valt ut fem talare som typexempel: att jobba inom industrin (Mats Berggren, vd Sweden Bio), att arbeta som lektor på gymnasiet (Pär Wohlin, lektor Viktor Rydbergs gymnasium), forskningsadministration (Anna Ledin, vetenskaplig sekreterare Kungl. Vetenskapsakademien), starta eget och jobba som entreprenör (Saed Esmaeilzadeh, vd Diamorph AB) eller att arbeta som vetenskapsjournalist (Ulrika Björkstén, redaktör Vetenskapsmagasinet).

Tråkigt nog var det inte många av dem som verkligen lyckades visa i sina föredrag hur och när eller i vissa fall ens om de hade nytta av sin forskarbakgrund mer än som inträdesbiljett. Bäst tyckte jag om Pär Wohlins berättelse som visade hur han hela tiden ifrågasatte, utvärderade och anpassade sin lärarroll och kunskaperna bakom den – flera gånger med obekväma beslut som resultat. Både inspirerande och upplyftande.

Själv skaffade jag mitt nuvarande jobb i juni förra året, och jobbade deltid där medan jag doktorerade färdigt på resten av deltiden. Jag har nytta av erfarenheterna från min doktorandtid i stort sett varje dag; ofta på grund av den specifika insikten jag fått i mitt fält och dess verktyg, ibland på grund av den mer generella inblicken i hur forskare tänker och fungerar. Organisations- och rapportskrivningsövningen jag fått genom att administrera EU-projekt (som institutionstjänstgöring) är direkt tillämpbara på mina organisatoriska och administrativa arbetsuppgifter idag. Samtidigt har träningen jag fått i kommunikation – talad såväl som skriven – genom bloggandet och alla de uppdrag och erfarenheter det lett till varit direkt ovärderlig i mitt nya jobb, där kommunikatör är del av min titel.

Allt det andra svåretiketterbara man lär sig på köpet när man doktorerar – att strukturera upp sitt arbete och planera långsiktigt, att lösa problem, att tänka själv och arbeta självständigt, att brottas med svårlösliga problem utan att ge upp – det är också otroligt användbart. Fråga nästan vilken doktor som helst i bekantskapskretsen – antagligen är det få som kommer säga att det var själva fackkunskaperna de fick som var mest användbara.

Sorgligt att man så ofta möter rekryterare som är rädda för att anställa “snäva, specialiserade” doktorer. De vet inte vad de missar.

Ny titel, nytt jobb

Från och med i fredags vågar jag kalla mig “doktor” (visst, man ska skriva på ett papper eller två, men avhandlingsförsvaret är huvudsteget). Från och med idag tillhör jag inte längre KTH – istället kan jag titulera mig kommunikatör och programofficer (på INCF).

Rent praktiskt är det inte riktigt en så abrupt skillnad som det kan låta; jag har faktiskt gått på deltid på mitt nya jobb sedan förra sommaren, och jag byter varken land eller stad samtidigt som jobb. Mentalt är skillnaden större – plötsligt så kan jag inte riktigt kalla mig “forskare” längre, inte på pappret. (Även om jag fortfarande putsar på min sista artikel vilket väl nominellt kanske kan kallas att fortfarande hålla på med forskning, så är jag inte avlönad att göra det och inte anställd som forskare på något universitet)
Just nu kan jag i och för sig inte kalla mig något alls, så länge jag inte gör det i skrift. Tre timmars nästan oavbrutet prat på avhandlingsförsvaret, med en förkylning i botten, har gett mig en präktig stämbandskatarr, och för första gången i mitt liv har jag faktiskt ingen röst *alls*.
Förutom i text. Härmed förklarar jag bloggen återuppväckt!

God fortsättning… på avhandlingsarbetet

Här händer inte just mycket. Men bloggen är inte död, den bara vilar! Bakom kulisserna pågår ett intensivt arbete med avhandlingen, som förhoppningsvis är helt klar om några veckor*. Fem kapitel har jag skickat till min handledare, ytterligare tre är halvfärdiga, och just nu pågår putsandet på sista artikeln som ska in. En hel bunt (förhoppningsvis) snygga och pedagogiska figurer ska också produceras, så att avhandlingskapitlen inte består nästan uteslutande av ord.

*på 60%-ig deltid, eftersom jag redan i somras skaffade och började på mitt blivande nästa heltidsjobb. Jodå, med planering så går det. Men det blir ingen bloggtid över med det schemat, om man säger så (däremot lyckas jag twittra ibland, och på så vis hålla den värsta bloggabstinensen stången).

Konsten att bygga ett mässbås


Den som aldrig varit på SfN Neuroscience – neurovetenskapernas absolut största konferens, med runt 30000 deltagare varje år – kan nog ha svårt att föreställa sig hur det är. Ända sedan jag började som doktorand har det varit konferensen folk talar om, ofta i from av skräckhistorier (Hotellbokningen! Värkande fötter! Vilse i mässhallarna!). Men allt jag hört har varit från forskarens/deltagarens perspektiv, så när jag fick veta att mitt nya (deltids)jobb som kommunikatör/PR-person på INCF inkluderade “fixa allt till vårt utställningsbås på SfN” visste jag nästan inget om vad jag skulle förvänta mig. Visst har jag gått på sånt som Tekniska Mässan någon gång, men att ställa ut i vetenskapliga sammanhang är annorlunda – väl?

Nja, är nog slutsatsen. Det mesta är “bara” tillämpad logistik. Här ska ni få se hur ett bås med två parallella slots för demos, en mingeldel och en infodel ser ut. Framifrån och bakåt i bilden:

*Båset. Består av tre ‘slots’ á 10×10 feet (3×3 meter). Utrymmet beställs långt i förväg, och innehåller per default inget annat än sina avgränsande väggar. Vår slot ligger i nedre högra hörnet av kartan på övre bilden. (De omgivande röda taggiga linjerna på kartan är postertavlor. Många hundra postertavlor.)
*Mattan. Beställs & levereras separat, och man kan välja mellan halvdussinet färger med oinformativa namn; “blue, red, burgundy, dark green, gray, black, blue jay, cayenne, and pepper” –> vi sejfar med svart (Noterat: de riktigt dyra&stora båsen har fjädrande underlag under mattan; ett effektivt sätt att få trötta fötter att signallera “ah, lyxbås! Stanna här!”).
*Rollups (stora delade bildväggen med hjärnan på). Egen frakt. Här skulle det ha stått en “postervägg” (liknande denna). Den försvann spårlöst i frakten till ett tidigare event, så jag fick se till att paniksnabbt kläcka en plan B; trycka nya canvaser till våra gamla rollups och sedan släpa med dem på flyget (snarare än att förvägsfrakta dem, vilket tar flera veckor). Här står de delvis ihoprullade, eftersom vi fick veta (när allt väl var uppställt på plats i båset) att inget fick vara högre än 8 feet. Jahapp, bara att vara glada att vi hade de kortare stödpinnarna med oss…
*Runt bord. Levereras separat, gick dessutom i kategorin “specialbeställningar”.
*Låga stolar. Leverarades ihop med de höga borden. Mycket populära bland båsgästerna.
*El. Beställs separat. Egna (amerikanska) skarvsladdar.
*Internet. Beställs separat, till *fruktansvärt* högt pris, men nödvändigt för flera av de demos vi visade. Router, switch och kablar medfraktade från Sverige, ihopkopplat och inställt av mig.
*Kollega (Raphael Ritz). Ansvarig för demoprogrammet i båset, har lyckligtvis till skillnad från mig varit med förr.
*Höga bord i svarta kjolar. Levereras “oklädda”, en särskild kille åker sedan runt med färdigveckat tyg som nitas fast. Vingliga som sjutton och lappade med flera generationer tejp. Även här kunde man välja färg, med tveksam ledning från färgnamnen. Färgerna matchar inte relaterade mattfärger eller varandra. Vi sejfade med svart även här. Vid vår ankomst saknade ett av borden kjol, förutsatt att det oklädda extravingliga bordet som stod på snedden i korridoren verkligen var vårt. Under “bordskjolarna” kan man lagra saker – vilket visade sig vara ett väldigt populärt feature hos våra demohållare och gäster.
*Barstolar. Levererades separat, så sent att vi hann börja bli riktigt nervösa. Dyra nog att hyra att grannbåset köpt en bunt snygga regissörsstolar istället; “det blev billigare så”. Dammiga som sjutton vid ankomst; har antagligen bott i ett lager i flera år.
*2 x demosetup: Stor skärm på stativ, liten skärm plus (antik) stationär dator, tangentbord och mus. Specialbox under för att switcha mellan vad som visas på stora skärmen: medtagen laptop eller stationära datorns lilla skärm. Notera de olika skärmformaten? Inte helt lätt att få visningen rätt utifrån de förhållandena. Alla datorprylarna levererades och kopplades in av en särskild leverantör, men vi fick fippla en hel del efteråt för att det skulle bli användbart.
*Anslagstavlor för medtagna posters; posterbyte vid varje demo. (tavlorna levereras separat av ett särskilt företag. Visade sig ha helt andra mått än på den spec vi fick. Men tack och lov var de större, inte mindre)
*Folderställ – ett medtaget ihoprullbart och ett panikbeställt på plats.
*Presentationsbord med tryckmaterial; skulle ha varit det lilla bordet som ingår i posterväggens transportbox, fick panikbeställas efteråt när vi insåg att posterväggen var borta. Tryckmaterialet, totalt 32 kilo tungt, förvägsfraktades till stor del; frakten gick typ tre veckor innan utställningen och beställdes hos en agent i Göteborg. Kartongerna packades extremt omsorgsfullt av mig i enorma mängder tejp och bubbelplast, vilket tog sådan tid att jag gick från jobbet först halv sju på kvällen på min egen födelsedag. Men liknande frakter vi fått *till* kontoret har anlänt i väldigt dåligt skick, och utan tryckmaterial är det ingen större idé att ha båset…
I folderställen:
— Workshoprapporter fr o m 2006. De flesta fick nybeställas eftersom de var så gott som slut; tack och lov inventerade jag trycksaksförrådet i tid, redan i augusti…
Nyhetsbrev #1-3 för i år. 2:an var min första arbetsuppgift när jag började i juni, 3:an gjorde jag under stor tidspress precis i tid för att trycka innan vi åkte, så det nyhetsbrevet fick åka i våra resväskor.
På bordet:
— Officiella rapporter: årsrapport, strategirapport, introduktionsrapport.
— Flyers: nästa års neuroinformatikkonferens i Kobe, MUSIC – ett verktyg vi utvecklar, demoprogrammet för montern. Skrivna & layoutade av mig i sista minuten innan vi åkte, eftersom vissa “vore det inte bra att ha…” inte faller någon in förrän i just sista minuten. Tryckta/utskrivna på plats på FedEx. Dyrt men smidigt.
— Andra flyers: sånt som våra japanska, engelska och amerikanska kollegor haft med sig.
— Diverse andra broschyrer.
— Pennor och block. Försvinner så fort man vänder ryggen till. *Alla* giveaways verkar populära; de amerikanska kollegorna i båset mittemot har gett bort runt 2000 exemplar av ett enkelt foto-/pappersställ.
*Mindre rollup (bakom bortre bordet), gör reklam för tidigare nämnda konferens. Paniklayoutad och -beställd av mig en vecka innan vi åkte, när kollegan som ansvarar för konferensen kom på att säga att vi haft en rollup för konferensen något tidigare år, och vore inte det trevligt att ha igen? Levererades så sent att den fick åka med den sist anlända kollegan som flög först två dagar efter oss. Visade sig vara en mycket lätt och trevlig sak – om än med en beklaglig tendens till att stå snett tills man vänt på den helt uniforma stödpinnen ett par gånger – som vi släpat med oss till diverse kvällsevents.

Puh. Jag lovar, jag kommer aldrig mer kunna se på ett mässbås på samma sätt igen — hädanefter kommer alla mässbås jag råkar på se ut som en gigantisk samling av lösa delar, ditfraktade mot alla odds, i ständig kamp mot logistikversionerna av Murphys lag.

Nu ska vi bara få ner och hem allt igen 🙂