It really *is* FORTRAN, all the way down

Two weeks ago I learned something that completely shifted what I thought I knew, and which seems to not be widely known. Thanks to Mike Croucher (Walking Randomly), whose blog I have followed as long as I can remember following blogs.

Did you know that programming languages are built on other programming languages? It should have been self-evident, perhaps, but I never really gave a thought to where programming languages actually come from. Second; did you know that large portions of Python and R are built on, and dependent on, FORTRAN?! (yes, I know its name is supposed to be part lowercase nowadays, but in my mind it remains FORTRAN77, like my student days – no, I am not ancient, but my teachers’ tools were).

The reason I blog this now is: I mentioned this the other day to an old friend who is a real bona fide computer scientist and researcher, and he DIDN’T know.

And as MC tells it, “Much of the numerical functionality we routinely use today was developed decades ago and released in Fortran. More modern systems, such as R, make direct use of a lot of this code because it is highly performant and, perhaps more importantly, has been battle tested in production for decades.  Numerical computing is hard (even when all of your instincts suggest otherwise) and when someone demonstrably does it right, it makes good sense to reuse rather than reinvent. As a result, with no Fortran, there’s no R.

And yeah, the same goes for Python, and a lot of other really basic (meaning not ‘simple’, but fundamental) numeric tools that are used everywhere. At least one of SciPy and NumPy has been a part of every Python toolset I have tried so far.

So what is the problem with many of our most indispensable software tools having a well-optimized FORTRAN skeleton? Compilers are the issue – the tailormade ways you tell the *really* basic low level parts of your specific processor what to do with your code. And processors are different. Hence, FORTRAN has over a dozen open source and commercial compilers adapted to different brands of processors – and for the commercial ones you have to trust that the organization that owns the compiler wants to continue supporting it. The currently most recommended compiler is commercial. However, open source efforts seem to have kept in step, more or less – though there are/were some question marks on whether everything FORTRAN-dependent would work well on Apple’s new Arm-based ‘Apple Silicon’ machines. (Imagine getting a shiny new expensive Apple computer – heavily marketed to people with rather vague knowledge of technical aspects – and everything goes wonky? The uproar.)

So, in essence, many modern open source computing resources rest on weaker legs than is really comfortable. It reminds me of that fantastic XKCD on dependencies. (There really is an XKCD for every tech scenario imaginable)

Ad-hoc guide to tweeting as an org

This was triggered by a request on Twitter, on guides/guidelines for tweeting as an institution. I scrambled through my mental inventory and came up blank. Then I figured that hey, I’ve done that for 11+ years, I might actually have some recommendations…

So, points to think of, off my head: 

1) Sort accounts into lists that make sense (e.g. members/staff, non-members, org accounts, relevant news sources)

2) Set a policy for each list on likes and retweets

3) If there are several tweeters, put their username in the org account description and have each sign their replies, if any, with their name/username

4) Have a policy for how you treat tweets from outside accounts. I tend to retweet a lot of community stuff and community-relevant stuff. That kind of behavior leads to a rather errant-looking timeline…

… which might not be what you want, if you assume people are reading your account in timeline view (I don’t think many do this, but maybe you want to display recent tweets on your webpage or some such)

5) Ping community members if you tweet stuff you know to be relevant to them. But it has to be very relevant to merit a ping, and not done too often

6) Hashtags are your friends, as an org. Try to have one for each relevant thing you communicate regularly; and don’t be shy to pick up a tweet, put it in retweet mode and just add a (community relevant) hashtag for visibility

7) Set up a best practices doc, even if you are the lone tweeter. There is some value in making your thinking explicit on a page, it usually clarifies things and helps you stay consistent. Also, onboarding new same-account tweeters gets WAY easier if you start with some common ground established

This post was originally a Twitter thread in response to a question from Hannah/@story645: https://twitter.com/story645/status/1331680526005100545

Kalendern lucka 7 – hydrofob sand

Vi hann till slut med att leka med den magiska sanden i lucka 7. ”Magin” ligger i att sanden är väldigt hydrofobisk, så mycket att den bildar smala korvar om man häller den i vatten.

Sedan försökte vi lyfta upp sanden med sked, och så fort den kom över ytan föll sandkorven isär i en till synes helt torr hög.

Sedan lyfte vi upp sanden, skedvis, till en bit aluminiumfolie. Där flöt den runt på en film av vatten, tills vi sög upp vattnet med hushållspapper och hällde sanden tillbaka i påsen.

De blanka fläckarna är små vattenpölar!

Sommarpratande forskare 2017

Efter två års dipp i talarlistan (2 forskare 2016, 3 st 2015) är Sommar i P1 tillbaka till en mer rejäl handfull forskare och forskningsanknutna igen. Roligt!

4/7: Förstås måste jag lyssna på Taffelkollegan och måltidshistorikern Richard Tellström!

12/7: Angela Gui, doktorand i historia vid U. of Cambridge, och dotter till fängslade förläggaren Gui Minhai.

18/7: Johan von Schreeb, läkare som grundade svenska Läkare Utan Gränser. Kirurg och docent vid Centrum för katastrofmedicin på Karolinska Institutet.

21/7: Johan Kuylenstierna, VD för Stockholm Environment Institute, naturgeograf och adjungerad professor vid Stockholms universitet.

25/7: Jerzy Sarnecki, professor i kriminologi.

3/8: Jonna Bornemark, docent och lektor i filosofi.

18/8: Annakarin Nyberg, internetforskare och universitetslektor vid Umeå universitet, samt författare.

Och så måste Gullan Bornemark (12/8) få ett litet hedersomnämnande – hon har tydligen satt musik till Pythagoras sats!

Tidigare räknarår: 2016 (2 st), 2015 (3 st), 2014 (7 st), 2011 (7 st), 2010 (6 st), 2009 (6 st)

Sommarpratande forskare 2016

Vet ni, det börjar kännas lätt poänglöst att köra den här räkneövningen. De sommarpratande forskarna blir ju bara färre och färre. I år är det hela TVÅ stycken forskare som är sommarvärdar i P1. Av totalt femtionio sommarprat.

30/6: Danica Kragic Jensfeldt, professor i datalogi
16/8: Hannah Akuffo, professor i parasitologi

Men Å ANDRA SIDAN ska Karin Bojs sommarprata (19/8). Det blir nog bra.

Kort gästspel i Morgonpasset om sur mjölk

Ungefär såhär ser mina förberedelser ut inför en intervju,
även en 
hastigt påkommen sådan. Post-its är bra, för man
får inte plats att 
komplicera saker alltför mycket.

I måndags morse blev jag helt oförhappandes kontaktad av Morgonpasset, som ville fråga lite om sur mjölk, i direktsändning samma morgon. Det var en sån där klassisk måndagmorgon där alla är sena och barnen klättrar på väggarna, men jag hann med att skicka resten av familjen till förskolan och ta en paus med kaffe och en halvtimmes uppborstning och sortering av kunskaperna innan det var dags att prata.

Resultatet kan höras här via webben (spola fram till klockan 09:15).

Jag kan för övrigt rekommendera post-its för anteckningar när man förbereder sig för en sån här sak. En enkel tanke per lapp, och sedan fylla på och flytta om tills det inte finns några gigantiska hål i tankekedjorna.

Summering: fyra månader som gästbloggare hos Curie

Nu har jag gästbloggat fyra månader för VR:s Tidningen Curie. Det blev lite blandat: om neurovetenskapens dataexplosion; problemet med att data bakom forskningspublikationer är svåra att komma åt; min organisations äventyr inom Google Summer of Code; och behovet av fler pusselbitar inom utbildningen av framtidens neuroforskare. Samt ett par mer allmänna inlägg med sommartema – om den akademiska världens något speciella inställning till semester, och min hobby att räkna antalet forskare bland årets sommarpratare.

Jag lärde mig också att jag uppenbarligen är hårdkodat inkapabel till att formulera ett blogginlägg som trivs på upp till 2500 tecken; mina röda trådar och ramberättelser vill liksom slingra ut sig på minst 4000 tecken varje gång. Men som tur är är jag också numer rätt bra på att korta av och stryka irrelevanta darlings…

Och nu då? Jag har lovat skepchick.se ett gästblogginlägg, och sedan ska det förhoppningsvis bli åtminstone krypfart på bloggandet här igen.

Sommarpratande forskare 2014

Jag blev så lycklig när jag såg på Twitter att någon mer än jag räknar antalet forskare/forskningsanknutna bland sommarpratarna, så fort listan blir publik. Förra året var det så få – inte ens med generösa mått var de fler än tre – att jag inte kände mig taggad att summera på bloggen, men i år återupplivar jag traditionen. Här är 2014 års forskare och forskningsanknutna sommarpratare:

*25/6 Antje Jackelén, professor i teologi och biskop i Lunds stift, kommer bli Sveriges första kvinnliga ärkebiskop mindre än två veckor innan programmet sänds
* 27/6 Simon Kyaga, överläkare i psykiatri och forskare med en färsk doktorsexamen från KI i mars i år.
*30/6 Anders Bárány, fysiker och medlem av den KVA-kommittee som utser Nobelpristagare i kemi och fysik
* 15/7 Marianne Bernadotte, forskningsfilantrop inom barnögonsjukdomar och dyslexi
* 8/8 Bi Puranen, samhällsforskare och generalsekreterare för World Values Survey
* 11/8 Agnes Wold, professor i klinisk bakteriologi och överläkare. Publicerade en synnerligen omtalad artikel i Nature om diskriminering av kvinnor i forskarvärlden
* 14/8 Svante Pääbo, världskänd paleogenetiker som bland annat analyserar neandertal-DNA

Roligt också att lyssnarnas sommarvärd detta år är en biolog, Sebastian Kirppu (16/7). Jag ser också fram emot författaren och läkaren Bea Uusma (3/8), som har ägnat år åt att gräva i Andréexpeditionens vedermödor (hade säkert kunnat bli en avhandling). Och missa inte heller Jesper Rönndahl (5/8), som är en av två programledare i P3:s genialiska humor- och vetenskapsmagasin Institutet.

Jag gästbloggar hos VR:s Tidningen Curie!

Under ett par månader framåt kommer jag gästblogga hos VR:s Tidningen Curie. Jättekul! Det blir forskningsrelaterat, antagligen med fokus på sånt jag nuförtiden jobbar med: hjärnforskningens förutsättningar, dataexplosionen, infrastruktur, forskares villkor…

Första posten kom upp idag och handlar om dataexplosionen och behoven inom hjärnforskningen, det vill säga orsaken till att organisationen jag jobbar på grundades: Mänsklighetens nästa månfärd går inåt. Det finns också en kort intervju med mig där jag presenterar mig lite närmare.

Kalibrera ugnen med att smälta socker

Så jag fick ett anfall av hybris, och registrerade mig för en onlinekurs i matvetenskap med rätt tung tonvikt på det naturvetenskapliga: Harvards onlinekurs “Science & Cooking: From Haute Cuisine to Soft Matter Science“. Kombinerat med en vabb-tät första dagishöst för två barn är det naturligtvis ren hybris, men jag har iallafall tagit mig så långt som till första labben: att kalibrera hemmaugnen genom att smälta socker. Börja på 175 grader, lägg en liten mängd socker på lämpligt ugnssäkert underlag och vänta 15 minuter. Det borde smälta vid 186 grader. Har det inte smält, höj 5 grader och upprepa försöket. Resultatet? Mitt ugnsvred ljuger på cirka tio grader; allt blir lite för varmt. Sockret smälte snällt redan vid “175 grader”.

Enkelt, och rätt vackert. Plus att det var evigheter sedan jag gjorde praktiska experiment och satt och räknade på molariteter (första veckans föreläsningars och övningar tyngdpunkt), och det är väldigt kul. Särskilt som konverteraren/faktasökverktyget Wolfram Alpha kan sköta en del av grovjobbet…