Jag återpublicerar

Ett av syftena med den här ny(gamla) bloggen är att samla sådant jag har skrivit på andra ställen, som kanske inte kommer finnas för alltid.

Jag håller på att importera gamla bloggar och annat skrivet hit, och märka upp så att det syns var de kommer ifrån.

Vetenskapsnytt, -2019.
Matmolekyler, 2007-2017.
Gästblogg hos Tidningen Curie, sommaren 2014.

Oroa dig inte, ingen har rätt bakgrund för det här från början – från Tidningen Curie

När jag och mina kollegor diskuterar med neuroforskare om vad de och fältet behöver slutar det ofta med att vi pratar om utbildning – främst av mastersstudenter och doktorander, men även av postdocs och mer seniora forskare som byter eller utökar sitt fält. Särskilt pressande verkar behovet vara för de som använder metoder som ger mycket data, eller som kräver rejäla kunskaper i både labbjobb och analys eller programmering – något som gäller allt fler. Neuroforskningen har utvecklats oerhört snabbt det senaste decenniet, med resulterande explosioner av metoder, stora datamängder och nya verktyg – och även eftersläp i utbildningsinnehåll. De lokala utbildningarnas innehåll ger ofta bara delar av den bakgrund som krävs, sedan får man lappa efter bästa förmåga med korta kurser, ofta i ett annat land, eller på egen hand försöka gissa vad man behöver veta och sedan hitta litteraturen.

Min egen doktorandutbildning i beräkningsbiologi (mer känt under det engelska namnet computational neuroscience) var precis ett sådant ihopkämpat lapptäcke av halvrelevanta universitetskurser – från både KTH, SU och KI – och djupdyk i forskningsartiklar och böcker, spetsat med ett par lätt surrealistiska veckor på kurs i sydligaste Polen, där jag framför allt lärde mig massor om metalloxidsensorer. ”Oroa dig inte”, sa min bihandledare godmodigt, ”ingen har rätt bakgrund för det här från början”. Jag hade tidvis varit beredd att ge min högra arm för ett lite mer balanserat och genomtänkt kurspaket, och jag kommer fortfarande ofta i kontakt med studenter som sitter fast i samma typ av pusslande. Nu har de dock även MOOCs, gratis föreläsningsvideor på youtube, helt webbsända konferenser, hundratals diskussionsforum och möjligheten att hitta medstudenter och mentorer via sociala medier… fast att hitta dessa utspridda resurser är ofta inte lätt, om man inte redan vet var man ska leta efter dem.

För några år sedan höll min organisation, INCF, tre workshops för att få en samlad syn på neurofältets utbildningsbehov. Workshop-rapporterna finns att läsa här, men en av de viktigaste slutsatserna är kort och enkel: man behöver börja tidigt i utbildningsstegen. Redan under masterutbildningen behöver biologerna få tillgång till matte, fysik och programmering, och fysikerna och matematikerna få tillämpa sina kunskaper på biologiska system, riktiga och modellerade celler och organ. På så vis får de en bredare samling verktyg att angripa problem med, lättare att samarbeta med folk från varierande bakgrunder, flera möjliga utbildningsvägar att fortsätta på, och flera kompetenser att bära med sig ut i forskning eller arbetsliv.

För varje sådan dubbelkompetent ny forskare får samhället också en bättre chans att lösa ett av vår tids stora hälsoproblem: att från djungler av data lista ut varför hjärnan fungerar eller slutar fungera. Ingen börjar med rätt bakgrund för det, men många fler skulle kunna ta sig hela vägen dit än som får chansen idag.

Det här är min sista post för Curie. Tack till er som läst! I fortsättningen hittar ni mig på Twitter och på min egen blogg.

Den här bloggposten publicerades från början 2014-09-24 på Malins gästblogg på Tidningen Curie.

En snart passerad sommar av kod – från Tidningen Curie

I sommar har över tusen studenter och nästan tvåhundra organisationer varit sysselsatta med att vidareutveckla öppen mjukvara inom Google Summer of Code; ett globalt program sponsrat av Google där studenter från hela världen får stipendier för att skriva kod åt olika öppna mjukvaruprojekt. Tretton av studenterna har jobbat med mentorer från olika neuro-relaterade forskningsprojekt och forskningsverktyg via min organisation (INCF), och jag och en kollega har rekryterat mentorerna, följt upp och rent allmänt stått för så mycket som möjligt av de administrativa bitarna. Igår, den 18:e augusti, var det officiellt sista dagen.

Det är vårt fjärde år som mentororganisation, och på många sätt ett fantastiskt kul projekt att jobba med. Studenterna är smarta, motiverade och entusiastiska över möjligheten att bidra till projekt och verktyg som behövs och gör nytta. Mentorerna får mycket utveckling gjord till priset av regelbundna mentorsinsatser, och projekten får nya deltagare – många fortsätter på ett eller annat sätt att involvera studenterna efter stipendieperiodens slut, eller plockar upp lovande studenter som precis inte kom igenom den kompetitiva delen där de mest lovande studenterna väljs ut. Vi som mentororganisation får glädjen att hjälpa vår community att hjälpa varandra; många av mjukvaruprojekten drivs helt eller delvis ofinansierat av forskarna som är involverade och vi vet hur många små hål det finns att täppa för att verktygen ska bli bättre, snabbare och smartare. Och alla förbättringar hamnar öppet tillgängliga för andra att plocka upp och spinna vidare på.

Tyvärr verkar den här möjligheten vara rätt okänd för många forskare och projekt. Det är synd. Kraven för att bli godkänd som mentororganisation är klart överkomliga, och många projekt som har plats för och nytta av exjobbare skulle kunna använda sig av det här initiativet för att nå ut till fler (och dessutom kunna betala dem en smula).

Förmodligen blir det en ny runda Google Summer of Code nästa år, beskedet brukar komma senast i januari. Om du har ett öppet mjukvaruprojekt som skulle ha nytta av fler händer på tangentborden, eller kommer i kontakt med studenter som vill prova på öppen mjukvaruutveckling, tipsa dem! Jag och min kollega svarar förstås även gärna på frågor om våra erfarenheter, bara att ställa dem i kommentarerna här nedan.

Läs mer:

Den här bloggposten publicerades från början på Malins gästblogg på Tidningen Curie.

Ha en trevlig forskningssemester! – från Tidningen Curie

Från och med i morgon (den 4/7) tar Curie publiceringsuppehåll och pausar kommentarsfunktionen. Inget mer bloggande på några veckor alltså, åtminstone inte här – jag hoppas hinna skriva lite på min egen sorgligt försummade blogg, men blir det som de senaste veckorna kommer jag snarare spendera majoriteten av mina vakna timmar med att jaga två fnittrande tvååringar på väg åt varsitt håll mot varierande hyss och påhitt.

Så jag vill passa på att önska er alla en trevlig semester, både ni som faktiskt ska vara lediga och ni som upplever att på sommaren flyttar forskningen mest ut från universiteten; till hektiska konferenser och fältjobb, och till den relativa ostördheten i hängmattor och på sommarställen. Kanske är många av er borta från era kontor flera veckor i sträck, men långledigt är det ofta inte tal om. Jag vet att många samarbetar i internationella projekt, som ofta har slutruscher och deadlines i juli, sådär lagom inklämt mellan svenska universitets terminsslutstress i juni och uppstartshets i augusti.

När jag började doktorera 2004, knuten till ett EU-projekt som definitivt inte tog industrisemester, tog det flera år innan någon egentlig semestermöjlighet infann sig. Bärbart internet var fortfarande dyrt och fruktansvärt långsamt. Mobiltelefoner var dumma tolvknappare som det tog en evighet att författa en mening på, och damp det ned en fil i mailen som behövde uppdateras fick man snällt bege sig till sitt skrivbord och sin (fasta) dator. Det var liksom ingen idé att åka bort. Ett decennium senare kan man hantera alltihop via mobilen…  lite friare känns det allt, men det innebär mest att arbetsplatsen kan flyttas runt, inte att själva jobbet försvinner.

De första åren jag doktorerade minns jag rätt många kommentarer om att forskare blev osynliga och onåbara på sommaren. Samtidigt som jag såg att mina handledare och kollegor snarare var som mest produktiva, när administration och undervisning varvade ner och gav fler och längre stycken ostörd arbetstid. Både 2007 och 2008 skrev jag bloggsvar på i mitt tycke särskilt arroganta påståenden om att forskare gick AWOL på sommaren. Till min stora förvåning snöbollade det senare inlägget vidare till en livlig debatt som resulterade i både ett långt inslag i P1 Medierna (summering) och en livedebatt inför VR:s Expertsvar under hösten (summering). En erfarenhet som på sikt var avgörande för att jag började arbeta med att kommunicera forskning, och fick en rätt annorlunda yrkesbana än vad jag tänkt mig från början.

Så ha nu några avkopplande, produktiva veckor, och ska ni bli publikt förbannade på något – välj det med omsorg. Man vet aldrig vart det kan leda.

Den här bloggposten publicerades från början 2014-07-02 på Malins gästblogg på Tidningen Curie.

Hobby med allvarsamma inslag: räkna årets sommarpratande forskare – från Tidningen Curie

Idag, den 3/6, släpps årets lista på Sommarvärdar. Jag är uppvuxen med Sommar i P1, som familjetradition. Långt innan webbens lättillgängliga svar på ”Vem ska prata idag?” och möjligheter att poddlyssna i efterhand eller på språng brukade vi slå på radion i princip varje sommardag och låta oss överraskas av dagens talare. Ibland hade vi riktig tur och fick höra någon som både pratade om något intressant och valde bra musik. Någon enstaka gång var det en forskare.  Då var det spännande – jag kände inga forskare och knappt några naturvetare, så de halvmytiska personerna i radion var liksom så nära jag kunde komma. När sommarvärdslistorna blev lättillgängliga på nätet började jag räkna forskare varje år och pricka in dagarna i min kalender, och så småningom började jag posta mina sammanräkningar på min blogg (det var då jag sent omsider insåg att jag faktiskt inte var den enda som räknade).

Det brukar vara 6-7 personer med något slags forskningsanknytning de flesta år som jag räknat. I år också: Antje Jackelén som är blivande ärkebiskop och professor i teologi (25/6), Simon Kyaga som är överläkare och nydisputerad inom psykiatri (27/6), Anders Bárány som är teoretisk fysiker och medlem i KVA-kommitten som utser Nobelpristagare i kemi och fysik (30/6), samhällsforskaren Bi Puranen (8/8), överläkare och professor Agnes Wold (11/8) och paleogenetikern Svante Pääbo (14/8).

Ibland tycker jag det känns lite småfånigt att räkna ”forskarhuvuden” på det här viset, men det känns också fortfarande relevant – efter att antal omgångar i debatten om hur forskare ser på samhället och hur samhället ser på forskarna har jag insett att varje kontaktyta mellan dessa två ofta disparata världar är väldigt värdefull, mer än vad det verkar vid en första anblick. Det finns visserligen betydligt fler sätt att komma i kontakt med forskare och forskning nu än när jag var kunskapstörstande tonåring, efter internets, poddradions och play-on-demand-servicens intåg, men antalet tillfällen att publikt samtidigt vara både forskare och personlig är fortsatt få. Trots att det finns så många fascinerande personligheter i den akademiska världen.

Jag inbillar mig att för varje sommarpratande forskare finns det en bunt lyssnare i andra änden som går från att mentalt se en virrhårig galning i vit rock till att se en helt vanlig människa. Och kanske minst lika viktigt – för varje sommarpratande forskare finns det en hel bunt andra forskare som ser att allmänheten kan vara lika intresserad av forskare som av musiker, skådespelare och författare.

Den här bloggposten publicerades från början 2014-06-03 på Malins gästblogg hos Tidningen Curie.

Slutet för hårddisken i byrålådan? – från Tidningen Curie

I teorin kan jag lätt komma åt alla modeller, data och analysskript från mina år som doktorand. De ligger på hårddiskar, noggrant inpackade i antistatiska påsar, i byrålådan. Skulle jag behöva komma åt faktiska filer blir det svårare – dels ska diskarna fortfarande fungera, dels ska det gå att hitta och installera gamla versioner av programmen som kör modellerna eller läser in och analyserar mina data. Vissa filformat kan jag inte alls använda, eftersom mjukvaran som kör dem kräver en snordyr licens som jag inte längre har tillgång till. Än så länge kan vi nog kalla problemet med att nå mina data “svettigt men inte omöjligt”. Men om tio år? Tjugo? (Och om jag själv inte är tillgänglig då – kan någon annan alls förstå och återskapa det jag gjort?)

Deprimerande nog är jag långtifrån ensam. Så ser det ut lite överallt i den akademiska världen. En studie av tillgängligheten för data bakom drygt 500 biologiartiklar från ett och samma subfält, som publicerades i början av året, visar att data snabbt blir otillgängliga. Data från artiklar som publicerades 1991 gick bara att få tag på i en tredjedel av fallen – antingen var kontaktpersonerna omöjliga att få tag på, eller så låg data otillgängligt på avlägsna platser och i format som slutat fungera (minns ni zipdrive?). Även nya data var relativt svåra att få tag på, men då främst för att många tillfrågade inte ville dela med sig.

Datadelning är ett komplext problem med såväl tekniska som sociologiska aspekter, ibland även etiska och lagliga (särskilt inom det medicinska området). Trycket på att dela ökar, både från finansiärer och från tidskrifter, och det har flammat upp flera intressanta diskussioner i spåren av ändrade riktlinjer och krav (till exempel reaktionerna på PLoS ändrade datapolicy i början av året).

Personligen gillar jag principen att  göra data tillgängligt (senast) i samband med publikationen av en artikel. Tillgängliggörandet löser inte problemet med att kunna reproducera egna och andras resultat – ofta ligger det många analyssteg mellan data och resultat, och analysstegen kan vara svåra att replikera – men det tar bort de ”enkla” delarna av problemet: Data som blir onåbara för att en kontaktperson för länge sedan bytt jobb och mailadress, data som går upp i rök för att lagringsformat blir trasiga eller obsoleta.

Det gläder mig att möjligheten att publicera diverse sorters data formligen har exploderat under de sista åren, åtminstone inom mitt fält. Initiativ som Dryad och Figshare låter användare dela allt från figurer till kod och filer, unikt identifierbart och citerbart. Data kan publiceras som rena dataset med en DOI (DataCite), minipublikationer (t ex F1000 ResearchNotes) eller som hela papper (GigaScienceJournal of Neuroinformatics).  Till och med Nature har startat en datatidskrift. Det ska bli så intressant att se vad som händer de närmaste åren. Blir det här slutet för hårddisken i byrålådan?

Den här bloggposten publicerades från början 2014-06-02 på Malins gästblogg på Tidningen Curie.

Mänsklighetens nästa månfärd går inåt – från Tidningen Curie

Jag jobbar inom ett fält som håller på att drunkna i data, men ändå är svältfött på information. Det är en erfarenhet som jag och mina kolleger knappast är ensamma om, men kanske särskilt relevant för samhället i vårt fall, när det gäller neurovetenskap.

Har det inte hänt oss själva har vi oftast folk i vår närhet som drabbats av någon typ av hjärnrelaterad sjukdom. Depression, till exempel, eller demens. Samhällskostnaderna är gigantiska, både direkt i form av vård, och indirekt i form av förlorade arbetsår både för den som är sjuk och för den som avstår från annat för att kunna ta hand om sjuka familjemedlemmar och vänner. För Europa (EU-länderna + Island, Norge och Schweiz) uppskattades samhällskostnaden till nära 800 miljarder euro, bara för år 2010.

Ändå är vi långt ifrån att förstå hur kroppsdelen som ligger bakom problemen fungerar, hos friska och hos sjuka. Hjärnans funktion sträcker sig över så många storleks- och tidsskalor, var och en med sin egen familj av metoder och utrustning, att ingen enskild forskningsgren sitter med mer än några få bitar av pusslet.

Att integrera alla dessa lösa fakta till ny kunskap kräver resurser och samarbeten på en storleksskala jämförbar med CERN. Minst.  Ansträngningen som krävs har kallats “ett nytt månfärdsprojekt”, och utan modern informationsteknik skulle vi inte ha skuggan av en chans att lyckas.

Resurserna som behöver koordineras är utspridda över hela världen, över hundratals länder och tusentals labb. Därför grundades organisationen jag jobbar för, INCF (International Neuroinformatics Coordinating Facility).

Vi är små i förhållande till uppgiften. Det innebär att vi behöver jobba med hävstänger, och påverka andra snarare än att göra allt själva. Vi samlar experter inom olika fält för att få till överenskommelser om hur data och metoder kan dokumenteras för att vara mer begripliga och återanvändbara. Hur man gör dataformat mer kompatibla och underlättar jämförelser. Vilka resurser saknas och skulle göra mest nytta – kanske mjukvaruverktyg, eller standarder, eller infrastruktur? Vad krävs för att katalysera utvecklingen av dem? Vi försöker påskynda byggandet av broar mellan fält och personer som kan ha nytta av varandra, mellan biologer och datavetare, programmerare och medicinare.

Det är ett omväxlande, roligt och frustrerande jobb, och det finns alltid tusen nya saker att lära sig. Jag tänkte använda den här bloggperioden till att berätta om några av dem.

Den här bloggposten publicerades från början 2014-05-13 på Malins gästblogg på Tidningen Curie.