En orsak att inte äta för mycket odlad fisk

Odlad fisk har länge kritiserats för att vara en möjlig ekologisk bov, utan att (åtminstone) jag kunnat hitta någon vettig förklaring. En ny studie som publiceras i denna veckas Proceedings of the Royal Society gör mig lite klokare:

Fiskfarmer är har hundratusentals fiskar i förhållandevis “trångbodda” burar (vilket naturligtvis är en utmärkt spridningsgrund för sjukdomar och parasiter). Nu har amerikanska forskare mätt graden av havslusinfektion (eng. sea lice) hos migrerande unga laxfiskar. Studien indikerar att de migrerande fiskarna var så gott som fria från infektion när de började sin resa, men att graden av infektion steg 73 gånger när de passerat en fiskfarm och att halten av havlöss i vattnet var förhöjd så långt som 30 km bort från farmen.
Problemet blir värre av att lössen mognar och förökar sig längs vägen, vilket åtminstone i teorin gör att smitta från fiskfarmer kan spridas väldigt lång väg med migrerande fisk.

Studien har kritiserats för att man inte samtidigt mätte havslushalten på fiskfarmen, men också hälsats som ett stort framsteg inom havsmiljöforskningen.

Att testa en besvärlig teori

Det har länge ansetts att sexuell förökning, där två individers gener bidrar, ger en evolutionär fördel framför asexuell förökning som bara kopierar samma gener till en ny individ. Fördelen är att gener blandas om betydligt snabbare, så att “bra” gener får en snabbare spridning i genpoolen. Att en fördel existerar märks på att sexuell förökning är mycket vanligare i naturen än asexuell förökning, trots den större mängd tid och resurser som krävs. Det har dock varit väldigt svårt att testa denna teori eftersom det är svårt att hitta två jämlika fall av sexuell/asexuell förökning att jämföra med varandra.

Nu har nyazeeländska och brittiska forskare gjort ett elegant experiment som ger stöd åt teorin, rapporteras av Science Now. Det finns jästarter som kan växla mellan sexuell och asexuell förökning, och forskarna manipulerade generna hos en sådan art på ett sätt som gjorde sexuell förökning omöjlig. Den manipulerade jäststammen jämfördes sedan med en normal jäststam av samma art. I förhållanden med enbart begränsad näringstillgång växte stammarna lika fort, men när de utsattes för mer utmanande förhållanden (höjd temperatur och höjd salthalt) växte den jäststammen som kunde föröka sig sexuellt betydligt snabbare (en ökning med 94% jämfört med en ökning med 80% för den manipulerade stammen, siffror från Nature News and Views, se nedan).

Det finns också en “News and Views” i veckans Nature som behandlar detta lite mer i detalj (prenumeration krävs). Där diskuteras bland annat den “dubbla kostnaden” för sexuell förökning jämfört med asexuell: I asexuell förökning produceras bara döttrar, dvs individer som själva ger upphov till nya individer. I sexuell förökning hos mer avancerade arter produceras bara hälften döttrar. I jäst finns inte hanar och honor, så där saknas den dubbla kostnaden.

Vaccin mot (katt)allergi kan bli möjligt

Glada nyheter för alla allergiker (och alldeles lagom till pollensäsongen): det kan så småningom bli möjligt att vaccinera sig mot allergiska reaktioner. Forskare vid University of California har utvecklat en metod för att undertrycka allergi mot katt, som bygger på att med en särskild molekyl koppla ihop allergenet (det allergi-orsakande ämnet) med en antikropp. Vid en allergisk reaktion utsöndras i vanliga fall histamin, men när cellen binder det ihopkopplade allergenet kommer antikroppsdelen binda till receptorer på samma cell och hindra den allergiska reaktionen. Metoden har visat sig fungera på möss (som har fått vissa delar av ett mänskligt immunförsvar), och forskarna hävdar att den fungerar “lång tid” efter en injektion.

Med 1,2 miljoner katter i Sverige och ett ungefär lika stort antal kattallergiska människor kan det kanske vara bra i sig. Men det riktigt intressanta är att metodens kärnidé (att koppla ihop ett allergen med en antikropp) kan fungera på många andra allergier – t ex livshotande nötallergi eller bi- och getingallergi. Jämfört med att alltid gå runt med adrenalinsprutor och vara tvungen att vara högst en kort bilfärd från närmaste sjukhus borde det vara en rejäl förbättring.

UPPDATERAT, 31/3: Även Science Now har ett reportage (kräver prenumeration) om detta, och påpekar att det fortfarande kvarstår att visa att man inte så småningom blir immun mot de injicerade antikropparna

En riktigt cool robot

Hittar via Science Now en riktigt smart designad robot, som påminner om en larv fast med fötter (larvfötter) på alla sidor. Den är 1.2 meter lång och uppdelad i fem segment. Designen tillåter den att klättra i trappor, ta sig över diken och kanter och klättra inuti rör – sammanfattat så kan den ta sig dit många robotar inte når, och det är ju lite häftigt. Men det riktigt häftiga är att man kan titta på en film av roboten när den gör allt detta:

http://www.engin.umich.edu/research/mrl/urpr/Media.html (den 38 MB stora filen, det är hela 7 min film). Det blir betydligt mer imponerande när man sett det själv än när man bara läser om det.

Tyvärr framgår det inte hur mycket de styr roboten och hur styrningen går till. Om den lyckas göra allt detta med hjälp av bara sensorer är jag imponerad.

Mät blodsocker med … kontaktlinser!

Att inte vara rädd för nålstick är en av de saker man snabbt får lära sig om man fått diabetes. Nu är en mycket mindre smärtsam metod under utveckling: kontaktlinser. Linserna utvecklas av en forskargrupp vid University of Maryland och innehåller ett ämne som är känsligt för glukos. När ämnet bundit glukos från blodet i blodådrorna i ögat blir det fluorecerande (självlysande) om man belyser det med blått ljus. Gruppen utvecklar också, förutom linserna, en apparat som fyrar av en liten blå ljusblixt och mäter hur mycket linsen fluorecerar samt räknar om det till blodsockernivå.

Trots att dagens nålsticksapparater inte är speciellt smärtsamma (jag har provat) tror jag att det här skulle kunna bli en populär metod. Det är rätt många som tycker att nålstick är obehagligt, åtminstone psykiskt, (nu är det ju inte så behagligt att sätta in linser de första gångerna heller, men med lite övning går det smidigt och smärtfritt) och dessutom är den här metoden mer diskret. Teoretiskt sett, så länge det inte är dyrt att blanda i detektor-ämnet i linsen behöver det inte heller bli särkilt dyrt. En av dagens metoder, att sticka hål på fingret, sätta en bloddroppe på en speciell remsa och sedan läsa av den med en mätapparat, är inte heller speciellt billig.

Flera andra, mer sofistikerade varianter utvecklas samtidigt: istället för att hela linsen fluorescerar kan man ha mätpunkter runt kanten av linsen. Punkterna kan även mäta andra saker som salthalt eller ha olika känslighet så att man får en skala av “rött-gult-grönt” som en indikation på hur bra värdet är. Det sistnämnda borde i och för sig gå att mäta enkelt ändå med fluorescensmätapparaten (antingen direkt eller med hyfsat okomplicerad bildanalys), men det diskuteras inte i artikeln.

Artikeln hittade jag via New Scientist (rubriken är en länk dit).

UPPDATERAT: Jag frågade min mamma som är distriktssköterska vad nuvarande metoder kostar. Remsorna kostar cirka 350-600 kronor för 50 stycken, lägg till det stickutrustning och mätapparat (och att flera prover per dag ofta behövs). Även om det blir tio ggr så dyrt att producera linserna som vanliga linser kommer det kunna bli betydande besparingar så länge inte mätapparaten blir mycket dyrare.

Sökmotor specialiserad på människor

Via New Scientist hittar jag en ny sökmotor, ZoomInfo, som specialiserar sig på människor. 25 miljoner människor ska finnas indexerade, och information om utbildning, arbete mm ska kunna kondenseras ned till en resumé. Eftersom lanseringen, enligt New Scientist, delvis är reklam för företagets premium-söktjänst (som kostar rekryterare motsvarande drygt 6000 kr/månad) är det sannolikt att det är just arbets- och prestationsrelaterad information som kommer indexeras.

Nå, fungerar det? Nja, får man väl säga, det beror på vem man letar efter. Antagligen är det främst amerikaner och britter som är indexerade i den första omgången. När jag provar att söka på samtliga anställda på min avdelning på KTH är det bara vår professor som finns (fast han verkar arbeta på Köpenhamns Tekniska Högskola).
Söker man på senaste Nobelpristagaren i medicin, Linda Buck, finns en resumé som stämmer hyfsat med verkligheten och är baserad på många källor. Statsminister Göran Persson finns däremot väl dokumenterad (och anges som “Göran Persson at Sweden”) baserat på 549 källor.

Den svensk (eller snarare den person anställd vid “Sweden”, för det är så motorn sorterar) som har flest källor, 50 ggr fler än Göran Persson, är dock Hans Blix. Sett som ett mått på mediegenomslagskraft är det intressant. (Vilket leder mig till att leta efter den första kvinnan i listan på anställda vid “Sweden” – tre kvinnor på de första 50 listade, två av dem är amerikanskor)

Så vad ska man använda den till? (om man nu inte är rekryterare, för då är det väl rätt självklart)

a) Lättare hitta _var_ man ska leta efter information om folk – kan man se var de är anställda just nu är det betydligt enklare. Det är inte alls säkert att de första träffarna man får upp i t ex Google är hjälpsamma på den punkten.

b) Ta reda på om personen ifråga är man eller kvinna. Ska man skriva om någon blir det väldigt klumpigt ifall man inte vet om man kan använda “hon” eller “han”. Dessutom måste man av någon obegriplig anledning ofta ange kön när man t ex bokar flygbiljetter (jag har blivit ombedd att akut svara på om “Stellan” är ett mans- eller kvinnonamn på grund av just detta, och tillbringat en halvtimme med att ta reda på om en fransk “Dominique” är en man eller kvinna).

c) För att få en bild av hur folk representeras på webben. Givetvis, när man inte vet hur indexeringen går till är det rätt vanskligt att använda som underlag för jämförelser och kanske mer underhållande än hjälpsamt. Men om motorn blir mer allmänt använd är det sannolikt att indexeringen blir bättre.

Om inte annat kan man se det som en påminnelse att vara vaksam med vad man lägger ut på nätet. Man vet aldrig vad som kan dyka upp i ens resumé så småningom.

Män och kvinnor är mer olika än människor och schimpanser…

.. är en av slutsatserna man kan dra av två nya studier om X-kromosomen som publicerades i Nature igår. En tar upp X-kromosomens gensekvens som nu är bestämd till över 99% noggrannhet, och den andra handlar om inhibering av X-kromosomen, den mekanism som ser till att kvinnor inte får en överdos av X-gener på grund av att de har två X-kromosomer.

Kortfattat kan sägas att skillnaden mellan män och kvinnors genuppsättning är 2%, medan skillnaden mellan människa och schimpans rapporteras vara 1.6 %. Nu är ju inte det den mest intressanta slutsats man kan dra av det här.

Mer intressant är att den “tysta” X-kromosomen inte alls är helt tyst. Mellan 15 och 25% av dess gener (det är 200 till 300 gener) uttrycks ändå, och dessutom i varierande grad. Hur mycket genetisk påverkan en viss gen ger varierar alltså från kvinna till kvinna och kan bland annat ha konsekvenser för sjukdomsförloppet hos flera hundra genetiska sjukdomar. Variationen finns inte alls i samma utsträckning hos män, som bara har en X-kromosom.

Konsekvens: samma läkemedel kan ha högst varierande effekt på olika kvinnor även om det inte har det på män. Mycket läkemedelstestning utförs idag enbart på män. Kanske räcker det inte att testa dem på en grupp kvinnor i vissa fall (som involverar de här generna), utan flera grupper behövs.

UPPDATERAT (5/6 kl 11.24) för att tillägga:

Pga Kalles kommentar nedan började jag göra lite research och hittade detta, om Y-kromosomen

The finding of 78 active genes on the Y contradicts an earlier impression
of the chromosome as being a genetic wasteland apart from its male-determining
gene. But if the Y is not a wasteland, important consequences ensue for the
differences between men and women.


As often noted, the genomes of humans and
chimpanzees are 98.5 percent identical, when each of their three billion DNA
units are compared. But what of men and women, who have different chromosomes?

Until now, biologists have said that makes no difference, because there
are almost no genes on the Y, and in women one of the two X chromosomes is
inactivated, so that both men and women have one working X chromosome.

But researchers have recently found that several hundred genes on the X
escape inactivation. Taking those genes into account along with the new tally of
Y genes gives this result: Men and women differ by 1 to 2 percent of their
genomes, Dr. Page said, which is the same as the difference between a man and a
male chimpanzee or between a woman and a female chimpanzee.

Citatet kommer från en NY Times-artikel som tyärr inte finns kvar i sin helhet online. Här finns NY T:s sammanfattning, här finns artikeln reproducerad.

Själv anser jag att det spelar inte så stor roll om siffran är 1 eller 2 procent. Antagligen är det, med nuvarande DNA-sekvenseringsmetoders noggrannhet, omöjligt att göra en mycket mer exakt beräkning (i allafall utan att ha rätt många hela genom att räkna på). En procent är fortfarande en anmärkningsvärt stor skillnad. Dr Page uttalande ovan tolkar jag som att man faktiskt räknar gener, inte baspar.

Räknar man enbart gener och tar den siffran som något slags mått på biologiska skillnader missar man att olika gener kan ha väldigt olika stort inflytande. Gener – eller snarare deras produkter – interagerar med och reglerar varandra. Det kan vara så att någon av de gener som skiljer män och kvinnor åt har väldigt stort inflytande över andra gener, det kan vara så att de gener som skiljer sig åt inte är funktionellt viktiga. Genetiken är inte ett färdigutforskat område.

Med datorn som mikroskop

Om det handlar om ett stort antal detaljer eller riktigt små skalor är datorsimuleringar ofta ett bra verktyg som tillåter en att se saker som är omöjliga att betrakta i verkligheten. Ett utmärkt exempel på detta hittade jag idag på Science Now : en studie på ångströmsnivå (0.0000000001 meter) i vad som ger motoroljetillsatser deras friktionsskyddande egenskaper. Närmare bestämt handlar det om zink-dialkyldithiofosfater som har funnits sedan 30-talet. Det har fram tills nu varit en gåta varför de fungerar så bra.

För att kunna studera vad som händer med oljan i en motor konstuerade några matematiker en modell på atomnivå av zink-dialkyldithiofosfaternas beteende under högt tryck och temperatur. Resultatet: molekylerna länkar ihop sig till ett fjädrande nätverk som lägger sig som ett skyddande skikt på ståldetaljerna i motorn. Skiktet är slitstarkt men mjukare än stålet, och fungerar därför som ett skyddande “skumgummilager” mot hårda stötar.

En annan tillämpning av datormodellering är neurala nätverk. Bland annat är de användbara i
situationer där man har svåranalyserade data som hänger ihop på ett sätt som man inte riktigt känner till. Tanken är att man genom att “träna” nätverken med datamängder och resultatet av situationen man tog datamängden ifrån ska få nätverket att skapa en “intern representation”, ett slags inre modell, av hur data hänger ihop med resultatet. Naturligtvis finns det mängder av praktiska fallgropar, men det är en teknik som bevisats fungera i många fall.

Ett fall där man verkligen kan hoppas att tekniken kommer fungera rapporteras om i senaste Ny Teknik: design av en passande “medicincocktail” för en hiv- eller aidspatient. Problemet är att vissa mediciner inte fungerar på vissa patienter, och att två olika personer kan reagera olika mycket på samma medicin. Mängden av kombinationer att prova är stor och växer hela tiden i och med att nya mediciner utvecklas. Förhoppningen är att man genom att lägga in data om hiv-virusets DNA, mediciner patineterna använt och hur de reagerat på behandlingen och sedan låta ett neuralt nätverk leta samband, ska kunna få ett recept på den bästa kombinationen av mediciner för varje patient.

Artikeln i Ny teknik refererar till en artikel i Wired som finns här.

Bloggies 2005 (Fifth Annual Weblogs Awards)

Även om det inte finns någon kategori för “vetenskap” är det väl värt att kolla in vinnarna av Bloggies 2005. Med 30 olika kategorier, en vinnare per kategori (även om vissa faktiskt vunnit fler än en kategori) och ytterligare ungefär 5 ‘runners up’ per kategori finns läsning så det räcker och blir över. En rolig detalj är att priserna doneras av allmänheten, så det är rätt stor spridning på vem som får vad.

Att bara överleva är inte tillräckligt

Ett intressantare liv ger en friskare hjärna – åtminstone om du är en mus. Försök på möss visar att de som bott i en bur inredd med leksaker och träningshjul har betydligt mindre beta-amyloida plack (beläggningar som är ett framträdande drag i Alzheimers-patienters hjärnor) än de som bodde i en ‘tråkig’ bur med livets nödtorft i form av mat och bäddmaterial. Den främsta orsaken tros vara motion, men det går inte att utesluta att den i allmänhet rikare miljön har spelat in. Tidigare studier har visat att utbildning och intellektuellt stimulerande aktiviteter som läsning och bridge (för människor, får man väl förmoda) minskar risken för Alzheimers.
Mängden plack undersöktes när mössen var ungefär 6 månader gamla.

Intressant är att en tidigare studie med ungefär samma upplägg gav motsatt resultat – mössen med den ökade stimulansen fick mer beläggningar, inte färre. Forskare ansvariga för den nya studien säger att den förra studien utsatte mössen för stress, vilket skulle kunna vara en orsak till skillnaden. (Och ärligt talat, vem skulle hellre ha nittio trista år än sjuttio intressanta och upplevelsefyllda, även om den förra studien skulle visa sig stämma mer?)

Det skulle vara ännu mer intressant att se en studie som jämförde möss som fick leva ett “naturligt” musliv med möss som fick leva i bur, och fick leva tills de blev åtminstone ganska gamla. Och jämföra möss som fått ungar och levt i flock med de jämförelsevis ‘onaturliga’ grupper som uppstår när man sammanför några jämnåriga musungar som kanske inte ens är syskon. Problemet är att ju fler faktorer som införs, ju färre specifika faktorer kan man säga med säkerhet bidrog till slutresultatet.

Något som mycket väl skulle kunna revolutionera Alzheimers-forskingen är en ny metod som gör det möjligt att studera beläggningar i hjärnan på levande möss (via Nature News). Dagens metoder kräver att man avlivar mössen för att kunna studera deras hjärnor vilket naturligvis medför att det man ser är summan av ett helt livs effekter. Med möjligheten att studera levande möss (och därmed göra upprepade studier på samma mus) borde det bli enklare att särskilja effekterna från olika faktorer som miljö, stress och socialt samspel. Metoden bygger på att en substans som kan binda till beläggningarna ‘märks’ med en fluorförening som inte finns naturligt i kroppen injiceras, och att man sedan med hjälp av MRI (magnetröntgen)studerar om och var substansen binder till hjärnan.

Metoden skulle så vitt man vet kunna användas också på människa, men behöver testas mer för att man ska veta att den är säker. Fungerar det skulle man kunna hitta Alzheimers långt innan personen får symtom – man vet att beläggningarna uppträder 10-20 år innan de första symtomen. Frågan är vem som skulle vilja ta ett sådan test innan man kan bromsa eller bota sjukdomsförloppet.